原核细胞rna_原核细胞中dna位于_原核细胞遗传物质rna(3)

3．将cordycepin（冬虫夏草素，3′-脱氧腺苷）加到细胞内，在细胞内它将通过核苷酸合成的补救途径生成相应的3′-脱氧腺苷三磷酸。如果它能够造成末端终止，则转录的方向是5′→3′，因为当RNA转录的方向是3′→5′时，3′-脱氧腺苷酸无法掺入到RNA链的生长端（无3′-羟基，不能与前一个核苷酸形成3′,5′-磷酸二脂键），即5′端，因此不可能造成末端终止。

4．当RNA聚合酶在催化转录的过程中暂停现象，则转录的速度将低于无暂停的RNA聚合酶催化转录的速度，这样在相同的时间内，转录物的长多将比一般转录物的长度短。使用放射性补救的NTP标记转录产物，然后进行凝胶电泳和放射性自显影，有暂停现象的转录物的条带位置将会超前。

5．RNA聚合酶对NTP的Km值在起始阶段高于延伸阶段意味着RNA聚合酶在延伸阶段对NTP的亲和力高于起始阶段RNA聚合酶对NTP亲和力，在NTP的浓度不高的情况下，不多的NTP优先与催化延伸反应的RNA聚合酶结合。当细胞内的NTP浓度较低的时候，这显然可以保证已进入延伸阶段的转录反应能够最终完成，这时新的基因转录的起始受到限制。

6．人工合成与你想刺激转录的目的基因的模板链的前二个核苷酸互补的二聚核苷酸，将此二聚核苷酸加到体外转录系统之中，这时二聚核苷酸将与你的目的基因编码链的前二个核苷酸互补结合，RNA聚合酶在启动转录以后，将不需要合成这两个核苷酸，而直接掺入第三个核苷酸，当反应混合物中的NTP浓度不高的情况下，目的基因却能有效地进行转录。

7．使用足印法（footprinting）进行确定：如果阻遏蛋白是通过阻止RNA聚合酶与启动子的结合来抑制乳糖操纵子的结构基因转录的，则高浓度的遏制蛋白的存在将会竞争性抑制RNA聚合酶与启动子的结合；如果阻遏蛋白允许基因转录的起始但通过与操纵子结合抑制转录的延伸，则不会出现上述现象。也可以通过相关的基因在体外转录进行确定：观察在无阻遏蛋白的情况下，被转录的区域是否包括操纵子序列。

8．顺式作用元件是负责调解基因转录的特殊的碱基序列，如HRE（激素反应元件）、HSE（热休克反应元件）和增强子等。反应作用因子的即是能够与顺式作用元件特异性结合的蛋白质因子，如脂溶性激素的受体。通过mobility shift分析可以得到与一种顺式作用元件特异性结合的反式作用因子：当顺式作用元件结合上反式作用因子以后，其电泳性质将会发生变化，其条带位置将会改变。在有对照的条件下，进行电泳，找出泳动滞后的条带，分离结

合的蛋白质。也可以使用亲和层析法将顺式作用元件共价偶联到特殊载体上，让细胞核抽取物通过此层析柱，能够与顺式作用元件特异性结合的蛋白质被吸附，这种蛋白质即是要的反式作用因子。同样可以使用上面的方法得到顺式作用元件。

9．根据增强子、沉默子和启动子的不同性质进行确定。增强子和沉默子与启动子的主要差别是启动子与他所控制转录的基因之间在方向和距离上有严格的要求，而增强子和启动子与距离、方向无关。这样可以通过改变未知功能的顺式作用元件与报告基因（reporter gene）的距离和方向，观察报告基因的表达所发生的变化来确定新发现的顺式作用元件究竟属于哪一类。

10．首先通过电泳得到第二类内含子或第三类内含子剪接的中间物，然后割下怀疑为套索结构的条带，回收并纯化凝胶带中的RNA，将得到的RNA与3′→5′核酸外切酶一起保温。假如该RNA成套索结构，则3′→5′核酸外切酶不可能将它彻底地水解，当水解到一定阶段，肯定会留下一段能够抵抗外切酶作用的序列。

11．制备U1、U2、U4/U6或U5 SnRNP的单克隆抗体，将各单克隆抗体加到特定的剪接系统之中。如果上述几种SnRNP的确参与剪接，则相应的单抗必定会影响剪接反应。也可以合成与各SnRNP复合体中的SnRNA互补的DNA片段，然后将它们混合，加入的DNA将会与相应的SnRNA配对，随后加入RNase H，RNase H将会水解SnRNA，如果某种SnRNP参与剪接，则当它的RNA被RNase H水解以后，剪接反应将会受影响。