游、下游引物，正意、反意引物吗(引物,下游引物,反向引物)

（4）利用软件设计引物当得到保守区域后，就可以利用专业的软件来设计引物了，其中primer 5.0 支持简并引物的设计上游引物， 将参与多序列比对的序列中的任一条导入primer 5.0 中，将其翻译成核苷酸序列，该序列群可用一条有简并性的核苷酸链来表示（其中r=a/g,y=c/t,m=a/c, k=g/t, s=c/g, w=a/c/t, b=c/g/t,v=a/c/g, d=a/g/t, n=a/c/g/t, 该具有简并性的核苷酸链必然包含上一步中找到的氨基酸保守区域的对应部分，在primer 5.0 中修改参数，令其在两个距离合适的保守的nt区域内寻找引物对，总之要保证上下游引物都落在该简并链的保守区域内，结果会有数对上游引物，分数越高越好。因此，一般为20~27mer，引物3′端错配对扩增产物的影响是有一定规律的，扩增片段长度为100~600碱基对，因这样会使引物在g+c富集序列区错误引发。 (3)延伸 dna 模板－引物结合物在 taqdna 聚合酶的作用下以脱氧核苷酸为原料，以母链为模板，按碱基互补配对的原则与半保留复制的原理，合成一条新的 dna 链。

但是大家注意，这样的设计使得ac引物也能同该特异性引物的互补链去结合（即ac引物单引物双向结合扩增），于是刘老师将第二个特异性引物rb-1a相应于ac末尾位置的两个碱基做了修改。dna复制的条件：1．底物：以四种脱氧核糖核酸(deoxynucleotide triphosphate)为底物,即datp,dgtp,dctp,dttp.2．模板(template)：以亲代dna的两股链解开后,分别作为模板进行复制.3．引发体(primosome)和rna引物(primer)：引发体由引发前体与引物。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等，引物是一段短的单链rna或dna片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。

至于上游引物（forward primer）或下游引物（reverseprimer）的概念也是根据与编码链-5’端同、-3’端相反的引物设计原则和编码链5’至3’的方向而命名的。

x0d启动子（promoter）：真核基因启动子是在基因转录起始位点（+ 1）及其5’上游近端大约100~200bp以内（或下游100bp）的一组具有独立功能的dna序列,每个元件长度约为7~20bp,是决定rna聚合酶转录起始和转录频率缉珐光貉叱股癸瘫含凯的关键元件.\。转录起始位（+1）\x0d真核生物启动子：\x0d启动子（promoter）：真核基因启动子是在基因转录起始位点（+ 1）及其5’上游近端大约100~200bp以内（或下游100bp）的一组具有独立功能的dna序列,每个元件长度约为7~20bp,是决定rna聚合酶转录起始和转录频率的关键元件.\x0d启动子包括：a.核心启动子（core promoter）：是指足以使rna聚合酶Ⅱ转录正常起始所必需的、最少的dna序列.其中包括转录起始位点或起始子（initiator）（+1）：一般是a或g及转录起始位点上游-25/-30bp处富含ta的典型元件tata框.\x0db.上游启动子元件(upstream promoter element,upe)：包括通常-70bp附近的caat框：ggccaatct和gc框：gggcgg等,能通过tfⅡ-d复合物调节转录起始的频率,提高转录效率.。 启动子 组成：核心启动子和上游启动子，基因转录起始位点（＋1）及其上游大约100～200bp以内的一组独立功能的dna序列，每个元件长度大约为7～20bp，是决定rna聚合酶ii转录起始位点和转录频率的关键元件。