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1996年至今，医院共获国家最高科学技术奖1项，国家自然科学二等奖1项，军队科技进步一、二、三等奖 12 项，军队医疗成果一、二、三等奖 44项，上海市科技进步一、二、三等奖 15 项，中华医学科技二等奖、三等奖各1项，上海市医学科技奖一、二、三等奖 11 项，上海市医疗成果一等奖、三等奖各1项。陈嘉庚医学奖 1 项，何梁何利基金奖 2 项。在研课题150项，资助经费13000万元。第二军医大学东方肝胆外科医院安亭新院举办各类国际、全国学术会议三十余次。

医院在院长吴孟超院士的领导下，为我国肝胆外科事业的发展作出了重大贡献。早在20世纪50年代，吴孟超等人制作和研究了200余例我国正常人肝脏标本，首次独创性地提出了中国人肝脏解剖的新见解，创立了以“五叶四段”为特色的肝脏外科解剖理论，为肝脏外科的开展奠定了重要的解剖学基础。60年代初期，他发明了简便、安全的肝脏外科手术新方法——常温下间歇肝门阻断切肝法，明显减少了肝脏手术出血，大大缩短了肝脏手术时间。 1963 年，吴孟超采用了常温下间歇肝门阻断法实施中肝叶切除术获得成功，成为肝脏外科的一大突破，进一步提高了肝癌及其他肝脏病症的外科疗效。1975年，吴孟超成功地切除了迄今为止世界上最大的重达18公斤的特大肝海绵状血管瘤，并发明了捆扎治疗血管瘤的新方法，使外科治疗肝海绵状血管瘤的成功率达到100%。他还创立了用肝动脉插管、栓塞、结扎的方法治疗不能切除的肝癌，在中、晚期肝癌治疗上取得了明显疗效。他曾带领课题组在上海开展了18万人次的高危人群肝癌普查，研究早期发现肝癌，使许多早期肝癌病人得到及时发现和治疗，并使临床确诊率提高到90%以上。吴孟超教授还提出了两个重要观点，即肝癌切除后复发再手术和肝癌二期手术。肝癌切除后复发再手术次数最高达5次；采用肝动脉阻断使不能手术切除的大肝癌缩小后，再行二期切除，疗效较佳。他又在我国首先采用了常温下无血切肝术，再次提高了手术成功率。其后，他又开展了小儿肝脏外科研究，成功地为12例 4~12 个月婴儿切除了重达800～ 1300克的巨大肝母细胞癌，除 1 例术后 2 年死亡外，其余患儿均健存，其中一例现已29岁。他还不间断地开展了半离体肝切除术、等离子手术刀、微波治疗肝癌、免疫综合疗法、单克隆抗体导向定位诊断和导向治疗、顺铂微球化疗等一系列新技术、新方法，并开始提出免疫化学治疗的新观念和治疗措施。进入 90 年代后，吴孟超教授又带领他的学生们开始与国外联合研究肝癌免疫治疗这一重大项目，并于 1993 年底获重大进展，研制出可使免疫系统识别并杀死肝癌细胞的新型疫苗，这种疫苗在大鼠体内实验成功。同时，他继续开辟肝脏手术的新领域，成功地开展了高难度的腹腔镜下肝癌、肝海绵状血管瘤切除术、肝破裂修补术和肝动脉结扎术，均为世界首例。

学院现有地质资源与地质工程1个博士后科研流动站，地质资源与地质工程等1个一级学科博士点，地质资源与地质工程、环境科学与工程2个一级学科硕士学位授权点和矿产普查与勘探、地质工程、地球探测与信息技术、环境科学、环境工程、水文学及水资源、古生物学与地层学7个二级学科硕士学位授权点，地质工程、环境工程2个领域工程硕士授予权，地质资源与地质工程1个省级特色重点学科，环境科学与工程1个一级学科省级重点学科，资源勘查工程、地质工程、环境工程、水文与水资源工程、地球信息科学与技术、生物技术6个本科专业和地质工程1个第二学士学位专业（其中地质工程为国家级特色专业）。已成为国家重点学科，国家级继续医学教育基地，全军肝胆外科专科中心，全军肝胆外科研究所，全军重点研究所，军队“重中之重”建设学科，上海市医学领先专业重点学科，上海市临床医学中心。学校有国家重点学科3个，国家重点培育学科1个，设有6个一级学科博士学位授权点，6个博士后流动站，47个二级学科博士学位授权点，12个一级学科硕士学位授权点，79个二级学科硕士学位授权点，10个专业硕士学位点。